Écrit à l'origine en finnois pour Shibasanomat 2/2020. La version anglaise a été gentiment traduite par Topi Kuusinen.

   Cette partie de la série sur les tests génétiques traite des couleurs de robe. La base de données publique des chiens de MyDogDNA est un bon endroit pour étudier la génétique des couleurs des Shibas, car les données comprennent généralement, en plus des résultats des tests, une photo du chien ainsi que son nom officiel. Actuellement, la base de données comprend 51 Shibas avec des données publiques.

Les tests de couleur inclus dans le panel de tests MyDogDNA. Les loci varient au sein de la race, ils expliquent donc les différentes couleurs de base des Shibas.

   Certains des termes couramment utilisés avec les Shibas sont différents de ceux du panel, par exemple, sable génétique est la même chose qu'un Shiba rouge. Tous les Shibas ont les mêmes formes de gènes, c'est-à-dire des allèles pour un certain nombre de loci de couleur, et on dit que ces allèles sont fixés dans la race. Actuellement, il existe trois loci décrivant les changements de couleur de robe chez les Shibas (loci est le pluriel de locus, et locus signifie l'adresse d'un gène ou d'une autre séquence d'ADN dans le chromosome) qui ont été vérifiés : locus A, locus E et locus S pour les taches blanches.

   Notez que les tests génétiques ne "lisent" pas l'ensemble du gène. Ils sont conçus pour détecter certaines mutations seulement. D'autres mutations peuvent être présentes dans le gène, mais les tests génétiques ne savent pas les rechercher. Il est souvent difficile de savoir si la mutation détectée est à l'origine de la caractéristique associée, ou s'il s'agit simplement d'une mutation marqueur coïncidente héritée en même temps que la mutation causale réelle.

A-locus et la couleur de base du pelage   

   Le locus de couleur A, c'est-à-dire l'agouti, donne à un Shiba une couleur de base rouge, noir et feu ou sésame. Un Shiba crème est également l'un de ces trois en ce qui concerne le locus A, même si avec le crème la couleur du locus A ne peut pas être exprimée.

   On pense actuellement qu'au moins trois allèles sont possibles pour le locus A chez les Shibas, les noms officiels des allèles différant un peu de ceux couramment utilisés. L'allèle Ay est lié à la couleur zibeline, mais chez les Shibas, cela signifie couleur rouge. L'allèle at, c'est-à-dire les points feu, est connu comme noir et feu chez les Shibas. L'allèle aw de la couleur du pelage, que l'on trouve chez les loups et qui est appelé à la fois agouti et wolf-grey, est lié à la couleur sésame agouti chez les Shibas. Un quatrième allèle pourrait être l'hypothétique Ays, qui pourrait expliquer la couleur rouge du sésame.

   Le résultat du test génétique montre le type de gène hérité de la mère et du père. Chez un Shiba rouge, au moins un de ces gènes est toujours Ay. Pour les sésames aw, les possibilités sont aw/aw ou aw/at. Un Shiba noir et feu a hérité de l'allèle at de ses deux parents, son génotype est donc at/at. Dans la pratique, le résultat du test pour le locus A est intéressant lorsqu'on veut savoir si un Shiba roux est porteur de la couleur B&T ou du sésame, car ceux-ci sont tous deux récessifs sous la coloration de la robe rouge. La reconnaissance visuelle d'un porteur de sésame (Ay/aw) peut être impossible. Le fait de porter une couleur a un effet sur les couleurs possibles des chiots produits par le chien.

   Fait amusant : dans la plupart des laboratoires de test, l'allèle aw du locus A est défini par élimination. Si les trois autres allèles (Ay, at et a) ne correspondent pas, le résultat est interprété comme étant l'allèle aw. En principe, cette méthode peut produire un résultat de test étrange, si le génotype du chien est très inhabituel.

E-locus et crème

   

   Le locus E, en haut de la liste, est lié au fait que la couleur de base du locus A peut être exprimée. C'est ce qu'on appelle l'épistasie, l'effet d'un gène sur un autre gène. Chez un Shiba, les options sont "E majuscule", c'est-à-dire coloré, ou "E minuscule", qui s'exprime en crème. Si un Shiba a hérité du " E majuscule " d'au moins un de ses parents, il exprimera la couleur du locus A. Un Shiba avec le génotype E/e a hérité de l'expression de la couleur d'un de ses parents et de l'allèle crème de l'autre parent. En d'autres termes, un tel Shiba est porteur de crème. Les porteurs de crème sont souvent facilement reconnaissables à leurs urajiro plus grands et plus brillants.  

   Un Shiba crème peut naître de la combinaison de deux porteurs de crème si le chiot hérite du "petit e" de ses deux parents. Dans ce cas, la couleur du locus A ne peut pas s'exprimer. Un Shiba avec le génotype e/e est génétiquement un "rouge récessif" et un "rouge dilué", car en réalité le crème (blanc) d'un Shiba crème est un pigment rouge avec un ton très clair.

   Les termes rouge récessif et rouge dilué sont dans ce contexte uniquement liés au pigment rouge contrôlé par le locus E. En ce qui concerne le locus A, un Shiba crème peut être l'un des trois : rouge, B&T ou sésame. L'occurrence de l'allèle crème chez les Shibas testés par MyDogDNA (y compris les chiens porteurs et les chiens de couleur crème) est de près de 25%. 

   Il semble très probable que le pool génétique des Shiba soit dépourvu des allèles du locus E à l'origine du masque noir (Em), de la coloration domino des lévriers (Eg) et de la coloration rouge ancienne (eA). Cependant, de nouveaux allèles cachés du locus E - actuellement non détectés par aucun test génétique - peuvent encore apparaître.

S-locus et le Shiba pinto

 Chez un embryon en développement, les cellules pigmentaires migrent du sommet de la tête vers les extrémités. Si la migration de ces cellules est interceptée pour une raison quelconque, la peau du chien présentera des zones sans pigment. La couleur de la zone non pigmentée est d'un blanc éclatant avec des bords nets, contrairement à l'urajiro, où la teinte du pigment rouge est presque blanc cassé. Indépendamment des gènes, de petites marques blanches peuvent se former sur la poitrine, les orteils ou l'extrémité de la queue, et c'est ce qu'on appelle le blanc résiduel. 
   Chez les Shibas, les grandes marques blanches en dehors de la zone urajiro sont généralement liées à une tache blanche génétique, c'est-à-dire au locus S. L'allèle "normal" pour le locus S est S, mais les Shibas peuvent aussi avoir l'allèle sp, appelé piebald. Cette forme de gène interfère avec la propagation des cellules pigmentaires.
   Un Shiba de génotype sp/sp peut avoir des chaussettes blanches jusqu'aux coudes, une tache dans le cou ou sur le corps ou même des motifs rappelant ceux d'un Akita américain. Chez un Shiba, les marques blanches excessives sont appelées coloration pinto, et selon le standard de la race, il s'agit d'un défaut disqualifiant.
   Un porteur de la coloration pinto (S/sp) n'a pas nécessairement de marques blanches. Des chaussettes blanches à la cheville, une rayure sur le museau ou une tache cachée dans l'urajiro sur la poitrine peuvent cependant indiquer un porteur de pinto. Cela signifie que la coloration blanche pinto (= pigment manquant) liée au locus S est différente du Shiba crème lié au locus E (= teinte très claire du pigment). Un Shiba crème peut également avoir une couleur pinto ou être porteur du gène pinto, même si les zones blanches pinto ne sont pas visibles dans la couleur claire de la robe d'un Shiba crème.

    Comme tous les autres caractères récessifs, un chiot pinto n'est possible que si les deux parents sont porteurs de la coloration pinto. En plus du problème esthétique, la coloration blanche pinto peut causer des problèmes de santé, car sur la tête elle peut conduire à une surdité innée du chien. L'occurrence de l'allèle sp causant la couleur pinto est actuellement d'environ 7% chez les Shibas testés par MyDogDNA.
   Il est probable que le locus S et la tache blanche ne "fonctionnent" pas toujours comme prévu chez les Shibas et les autres races japonaises indigènes. Dans certains cas, un Shiba avec des chaussettes longues et blanches évidentes est selon le test génétique un S/S non tacheté de blanc, et un Shikoku ou un Akita complètement coloré peut avoir la forme génétique de sp/sp.
   Les chaussettes blanches et la tache blanche sur le dos de Shiba montrées sur la photo sont des indicateurs forts de la tache blanche ou de son portage. Malgré cela, le test génétique n'a pas détecté d'allèles connus pour la tache blanche dans le locus S (le résultat du test est le S/S de la coloration complète). Cependant, quelque chose a affecté la pigmentation au stade embryonnaire.

Quelques informations supplémentaires sur les différents sésames Shibas

   Il existe au moins deux bases génétiques différentes pour la couleur sésame des Shibas. Le type de couleur sésame le plus connu est le sésame aw détecté par le test génétique. Dans cette forme, la coloration est causée par l'allèle aw du locus A. Dans ce type de sésame, le tipping noir de la robe s'exprime sur les mêmes zones que chez un Shiba B&T, s'étendant jusqu'au sommet du museau et près des chevilles sur la partie antérieure des membres antérieurs. La teinte d'un sésame aw peut varier d'une teinte rougeâtre et brunâtre à une teinte très foncée, qui sont généralement appelées sésame noir.

   Un type de sésame moins connu est probablement basé sur la forme du gène Ays (sésame Ay), qui fait que le rouge est ombragé par le noir. Les tests génétiques actuels ne peuvent pas détecter les Ays - le résultat est toujours rouge Ay. Dans ce cas, l'ombrage noir couvre totalement le dos et la tête du chien, mais ne s'étend pas jusqu'aux pattes ou au sommet du museau. Sur le front, il y a généralement un "pic de la veuve" pointant vers le museau. La teinte peut être brun rougeâtre, gris rougeâtre ou même légèrement jaunâtre. Un tel sésame a été appelé sésame rouge (même si un sésame aw peut aussi avoir l'air rougeâtre), sésame widow's peak (même si ce motif n'est pas nécessairement visible) et sésame Ay/at (même si cette coloration semble aussi possible pour un Shiba ayant le génotype Ay/aw). Par conséquent, le meilleur nom pour cette couleur pourrait peut-être être sésame sable ou sésame Ays.
   Dans d'autres races de chiens, cette couleur est généralement appelée zibeline ombrée. La cause génétique est encore inconnue, cependant, des gènes modificateurs distincts ou des modifications épigénétiques (= même séquence d'ADN mais activité différente de l'expression génétique) ont été suggérés. De nouvelles recherches ont permis de découvrir des modules de régulation génétique spécifiques sur le locus A, qui semblent différer entre les chiens zibeline et zibeline ombrée. On ne sait pas encore si ce nouveau système de locus A détecte réellement l'hypothétique allèle Ays.
   Généralement, le noir ombré du sésame zibeline n'apparaît sur un chiot d'apparence rouge à l'origine qu'après la mue du premier poil du chiot. Dans le test génétique, les sésames zébrés semblent avoir le génotype E/E Ay/at ou E/E/ Ay/aw, ce qui signifie qu'ils ne portent généralement pas de crème. On suppose que le phénotype sésame sable est hérité avec la forme du gène Ays, qui est récessif pour le rouge (Ay) mais dominant pour le sésame aw (aw) et le noir et feu (at). Il s'ensuit qu'un accouplement entre un sésame d'Ays et un noir-et-tan devrait donner des chiots qui sont soit sésame d'Ays soit noir-et-tan. On ne sait pas encore très bien à quoi ressemblent les Shibas porteurs de crème ou "double-Ays". Les éleveurs de Shibas Ays sésame ont signalé que la forme hypothétique du gène Ays est en fait héritée de manière prévisible.

   Il y a régulièrement de nouvelles observations intéressantes sur les caractéristiques des sésames Shibas sur the public sesame Shiba group of Facebook.

Alors lequel est le "vrai" sésame ?

   La réponse est très simple : les deux types de sésame sont de vrais sésames tant que le Shiba ressemble à un Shiba sésame correct. Le standard de la race du Shiba, ou petit chien japonais, a été rédigé au Japon il y a près de 100 ans. La coloration sésame n'a jamais été définie par des tests génétiques ou des génotypes, mais plutôt par l'apparence des couleurs de la robe à l'œil. L'équilibre - ni trop ni trop peu - était vraisemblablement encore la clé, et la coloration idéale du sésame ne devait être ni trop foncée ni trop claire.
   Si nous sommes précis, un Shiba sésame ne peut jamais être "un sésame génétique" car un tel terme n'existe pas dans la génétique des couleurs de robe des chiens. Le sésame de type Ays correspond vraisemblablement à un zibeline ombré génétique, tandis que le sésame de type aw fait référence à un agouti génétique.

Sésame ou sashige ?

   En plus d'un sésame Ays, un Shiba avec le résultat du test génétique E/E Ay/at peut être rouge vif ou nuancé de noir uniquement sur le cou et le dos ; en japonais "sashige", rouge sale. Même un rouge "porteur" (génotype Ay/Ay) a parfois un peu de noir sur le dos ou la queue. Il existe une règle empirique pour discerner un sashige d'un sésame sable. Si l'on y réfléchit bien, la coloration est sashige, et non sésame sable. La différence est plus nette lorsqu'elle est vue de face. Les chances sont également du côté du sashige, car les sésames zébrés sont très rares.

 Une maladie héréditaire mortelle pour les Shibas  

   En l'an 2000, un Shiba a été diagnostiqué pour la première fois au Japon avec une maladie héréditaire rare, connue dans d'autres races, mais qui n'était pas encore apparue chez les Shibas. Il s'agit d'une maladie de stockage (maladie métabolique) appelée gangliosidose GM1, incurable et mortelle en un an et demi.
   La maladie a été détectée par un groupe de médecins vétérinaires travaillant avec le Dr Osamu Yamato à l'université d'Hokkaido à Sapporo. En peu de temps, ces scientifiques ont découvert la cause de cette maladie chez les Shibas (une mutation génétique) et ont depuis développé une nouvelle méthode de diagnostic. Ils supposent qu'"il pourrait y avoir une forte prévalence de porteurs dans tout le Japon" et que, par conséquent, "des mesures préventives devraient être prises contre la gangliosidose GM1 chez les chiens Shiba afin d'éradiquer cette maladie ou du moins de réduire la prévalence des porteurs". Les chercheurs s'inquiètent également de la possibilité que cette nouvelle maladie ait déjà atteint l'Amérique, l'Europe ou l'Australie.

  Qu'est-ce que la gangliosidose ?

    La gangliosidose appartient à un groupe de maladies héréditaires appelées "maladies de stockage lysosomales". Les lysosomes sont des structures spécifiques à l'intérieur de la cellule dans lesquelles, comme dans une "station d'épuration", de nombreuses substances sont dégradées ou modifiées. Les molécules qui effectuent cette dégradation ou cette modification sont appelées enzymes. Dans le cas d'un trouble du stockage lysosomal, les substances qui ne peuvent être transformées en raison d'une déficience enzymatique sont stockées dans les lysosomes. Dans le cas de la gangliosidose, les gangliosides (composés gras-sucrés) s'accumulent dans les cellules du cerveau. Les fonctions cellulaires vitales du cerveau sont alors altérées, ce qui entraîne de graves symptômes de la maladie.
  La gangliosidose se présente sous deux formes différentes. La gangliosidose GM1 est due à une déficience héréditaire de l'enzyme bêta-galactosidase. Dans cette forme, les symptômes neurologiques commencent un peu plus tard (vers 4 mois) et évoluent plus lentement. Dans le cas de la gangliosidose GM2, l'enzyme bêta-hexosaminidase est absente, le tableau pathologique apparaît normalement plus tôt et s'aggrave plus rapidement. Même si les deux formes de gangliosidose présentent des symptômes similaires, elles sont évoquées par des défauts complètement différents de deux enzymes lysosomales spécifiques. Ces défauts génétiques appelés mutations sont dus à une modification du code génétique.
   Ce qui rend ces deux maladies pernicieuses, c'est qu'elles sont transmises de manière cachée (autosomique récessive). Avec cette transmission, la maladie ne se déclare que lorsque les deux formations d'un gène critique sont défectueuses (par opposition à l'hérédité autosomique dominante où la maladie se déclare lorsqu'un seul gène critique est défectueux). Le cours de l'hérédité de la gangliosidose suit les lois classiques de la génétique. Un individu hérite toujours d'une copie du gène de sa mère et d'une copie du gène de son père. Un cours d'hérédité récessif signifie que les chiens porteurs d'une seule copie du gène défectueux (c'est-à-dire qu'ils sont hétérozygotes) sont cliniquement sains mais sont porteurs. Les porteurs eux-mêmes ne seront jamais atteints de cette maladie, mais il y a 50 % de chances qu'ils transmettent le gène défectueux à leur progéniture. Ce n'est que si deux copies du gène défectueux (de la mère et du père) existent, c'est-à-dire que le chiot est homzygote, que la maladie se déclarera. Si des porteurs sont accouplés, 25% de leur progéniture sera statistiquement atteinte de gangliosidose, 50% seront porteurs et 25% seront exempts du gène défectueux.
   Malheureusement, il n'existe aucun traitement efficace pour cette maladie. La maladie se manifeste chez de très petits chiots, et aucun soin n'apporte de résultats - la maladie ne fait que progresser, le chiot finit par ne plus reconnaître son maître. Voir comment un chien adoré meurt sous nos yeux est un énorme choc psychologique pour le propriétaire. Tous ces sentiments entraînent une forte colère, le propriétaire implique l'organisation d'enregistrement dans la situation, et l'éleveur ou l'animalerie est confronté à de graves problèmes.

Age (months)	Clinical signs
<5	No clinical or neurological signs
5-6	Loss of balance, Lameness (intermittent), Ataxia (mild to moderate), Dysmetria (mainly hypermetria), Head tremor (intention tremor)
7-8	Ataxia (severe), Toppling gait, Exaggeratedly startled response
9-10	Atactic abasia, Astasia, Corneal clouding, Visual defect, Muscle rigospasticity in limbs and crest, Emotional disorder
11-12	Generalised muscle rigospasticity, Tonic spasm, Tendency to be lethargic, Unresponsive to sounds, Weight loss
13<	Lethargy, Death (mainly after 14 months)

Mesures préventives.

    Il y a plus de 10 ans, il est devenu possible de faire des analyses génétiques. L'avantage de l'analyse génétique est qu'elle permet non seulement de diagnostiquer les chiens atteints d'une maladie manifeste, mais aussi d'identifier les porteurs de cette maladie. Pour l'analyse, une petite quantité de matériel génétique suffit. Et il peut être obtenu non seulement à partir du sang - une très petite quantité - mais aussi à partir de la muqueuse de la cavité buccale ou de la salive.
   Les chiens identifiés comme porteurs sont exclus des rangs aptes à la reproduction, ce qui permet d'exclure complètement la possibilité de propagation de cette maladie. Toutefois, si l'individu est porteur, mais que son extérieur et son tempérament sont impeccables, afin de préserver ces avantages, le porteur est croisé avec un chien sain, et tous les chiots nés sont examinés. Ainsi, il est possible de sélectionner des individus qui ont hérité des meilleures qualités et dont le code génétique est bon - ils pourront participer à la reproduction ultérieure. Par ailleurs, dans le cas d'un grand nombre de porteurs, tous les porteurs ne doivent pas être exclus du nombre de chiens destinés à la reproduction. Sinon, le coefficient de parenté proche augmentera et il y aura un risque de manifestation d'une maladie génétique inconnue cachée. Il faut donc éviter une forte augmentation du coefficient de parenté proche, autrement dit, le croisement de parents proches. Après tout, l'exclusion soudaine d'une maladie héréditaire connue peut provoquer l'effet inverse - la propagation d'une autre maladie héréditaire.

Porteur et éthique du traitement des animaux.

   Un chien qui a été identifié comme porteur par un examen génétique a un corps absolument sain et, en tant qu'animal de compagnie, il n'est pas différent des chiens normaux. Il est préférable de ne pas utiliser les porteurs pour la reproduction, cependant (comme indiqué ci-dessus, il existe de nombreux cas où, dans certaines conditions, un tel chien devrait être utilisé pour le croisement avec un chien normal), vous pouvez obtenir un tel chien comme animal de compagnie. Si vous découvrez accidentellement que votre animal est porteur, il n'y a rien de mal à cela. Mais si vous avez acheté un porteur pour un élevage ultérieur ou si la maladie se transmet, une situation très grave se produira : un tel éleveur perdra la confiance de toute l'association. Je suppose que certains propriétaires ne sont pas d'accord pour acheter un porteur comme animal de compagnie, et je tiens à souligner qu'il s'agit de propriétaires incompétents dont les chiens sont probablement négligés. En fait, je crois qu'il n'y a pas d'animaux ou d'humains totalement exempts de toute maladie génétique, tous ont une proportion de gènes mutés. Si l'homme prend des mesures artificielles contre la propagation des porteurs, alors il y aura un très grave problème d'un point de vue éthique, et il est possible qu'à l'avenir une telle pépinière ou organisation ne survive même pas. Au sein de la communauté internationale, il est demandé aux éleveurs et aux organisations d'être attentifs au traitement éthique des animaux.